Data de fundação: 1913
Uma das seções mais antigas da história do Flamengo, o polo aquático rubro-negro começou a competir oficialmente em 1913, logo que as competições foram instituídas pela antiga Federação Brasileira das Sociedades do Remo. Nesta primeira fase, além de inúmeras conquistas nos juvenis e nos segundos quadros, destaca-se a temporada de 1936, na qual o Mengão venceu o Torneio Relâmpago, o Torneio Início da primeira e da segunda divisões e o Campeonato Carioca.
Com a inauguração de seu parque aquático, em novembro de 1965, o clube daria novo impulso à modalidade. Mas o pontapé inicial para sua era mais vitoriosa nesse esporte viria com o Estadual de 1984, após melhor-de-três com o Fluminense. A sequência de conquistas incluiria o título sul-americano obtido em São Paulo, em 1993. Eram tempos em que brilhavam nomes como Sérgio Figueiredo e Fernando Carsalade.
No feminino, o Flamengo foi pioneiro: o primeiro jogo oficial da modalidade no Rio foi disputado entre duas equipes rubro-negras, em outubro de 1987. Campeão do primeiro estadual ainda naquele ano, o clube alcançaria o título brasileiro em 1991, também na capital paulista.